Ces énormes vaisseaux transportent des milliers de Wraiths. Lorsque les Wraiths entrent dans leur phase de sommeil, ils font atterrir ce vaisseau ruche sur une planète. Puisque les périodes de sommeil des Wraiths peuvent durer pendant plusieurs dizaines d'années, ces vaisseaux sont souvent recouverts par la végétation locale de la planète. Ces vaisseaux contient un nombre indéterminé de chambre d'hibernation et possède également des cellules pour les individus ayant été capturés et attendant une audience avec les Wraiths. Une gardienne, accompagnée de quelques soldats, protégent et surveillent le vaisseau et ses occupants pendant leur période de sommeil. Lorsque le Major Sheppard tua la gardienne de l'un de ces vaisseaux, il réveillât les Wraiths se trouvant à l'intérieur. Lorsque l'équipe Atlantis revint quelques temps plus tard, ils découvrirent que le vaisseau ruche avait quitté la planète. Il fût découvert ultérieurement grâce à une mission de reconnaisse avec les Geniis qu'il y a 21 vaisseaux ruches dans le même quadrant de la galaxie de Pégase où est située Atlantis et qu'il y aurait près de 60 vaisseaux ruches au total. Trois vaisseaux ruches attaquèrent la Cité d'Atlantis dans le but de découvrir les coordonnées de la Terre, mais heureusement, l'expédition Atlantis fut capable d'éliminer ces vaisseaux grâce au satellite de défense des Anciens ainsi qu'au Dédale, un BC-304 envoyée par la Terre pour défendre Atlantis. Sheppard et son équipe devinrent prisonniers d'un vaisseau ruche lorsque leur tentative d'intrusion dans ce vaisseau ruche pour y installer des explosifs fut découverte. Lors de sa rencontre avec la Gardienne du vaisseau, Sheppard découvrit que les Wraiths était divisés en plusieurs factions qui luttaient pour obtenir le contrôle de planètes habitées par des humains. Cette information permit à Sheppard de déclencher un combat entre 2 clans ennemis ce qui provoqua la destruction des vaisseaux ruches et permit à Sheppard et son équipe de s'échapper. Ayant réussit à obtenir les coordonnées de la Terre, plusieurs vaisseaux ruches dirigés par le Wraith Michael se dirige actuellement vers la Terre.
