Le Lieutenant Colonel John Sheppard est un talentueux pilote de l'Air Force. Avant de s'engager dans l'expédition en partance pour Atlantis, il était en service sur une base de l'Air Force située en territoire américain en Antarctique, McMurdoch. Un bref retour sur son passé de militaire nous permet de découvrir qu'il a désobéi à plusieurs reprises aux ordres de ses supérieurs, mais ceci dans l'optique de sauver des vies, et notamment lors d'un conflit au cours duquel il abandonna son hélicoptère pour retourner derrière les lignes ennemies et sauver certains de ses collègues restés blessés sur le champ de bataille. Ceci lui prévala d'ailleurs un blâme sur son dossier militaire. Il a quelques notions mathématiques, un grand sens de l'humour et aime à prétendre qu'il n'est pas aussi intelligent qu'il ne veut bien le croire.
John Sheppard fait toujours de son mieux pour être un parfait et charmant gentleman, mais il sait aussi se battre avec détermination et toujours dans le but le plus simple. Il défie sans cesse l'autorité, et agit mené par ses sentiments, laissant ainsi son sens moral guider ses actions.
Tout comme O'Neill, John est l'un des rares êtres humains à posséder le gène ATA, capable d'activer les technologies des Anciens.